肺孢子菌是通过咳嗽、打喷嚏、咳痰、流鼻涕、说话等方式被感染的。鼻部或口腔形成飞沫会被健康人群吸入导致传染。飞沫也可以沉积在物体表面，健康人群接触后皮肤被污染而获得传染。
部分患者尤其是新生儿，母亲会通过胎盘直接传播给胎儿。
肺孢子菌肺炎属于机会性感染疾病，肺孢子菌是在哺乳动物和人的呼吸道中发现的单细胞真菌属。潜伏期一般为两周，艾滋病人潜伏期约四周，发病无性别和季节差异。
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