厌氧菌感染首选硝基咪唑类药物，如甲硝唑、奥硝唑和替硝唑。次选的药物有林可霉素、克林霉素、氯霉素、大环内脂类抗生素、万古霉素、去甲万古霉素以及青霉素类的抗生素。
硝基咪唑类药物除了对厌氧菌效果好之外，还可以治疗滴虫、阿米巴，并且对蓝氏贾第鞭毛虫有强大的的抗微生物活性，可以治疗多种厌氧菌感染，比如说败血症，骨髓炎，腹腔感染，盆腔炎等。
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