申办农民专业合作社，涉及部门有工商、公安、税务、质监、银行 农业等多个部门。
首先：工商行政管理局设立登记， 提交材料：1、设立登记申请书;2、全体设立人签名、盖章的设立大会纪要;3、全体设立人签名、盖章的章程;4、法定代表人、理事的任职文件和身份证明;5、全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单;6、法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件;7、住所使用证明;8、指定代表或者委托代理人的证明;9、合作社名称预先核准申请书;10、业务范围涉及前置许可的文件。不收任何费用。
第二：公安局制定刻章 ， 提交材料：合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件。 收费400元上下。
第三：质量技术监督局办理组织机构代码证 ， 提交材料：1、合作社法人营业执照副本原件及复印件一份;2、合作社法人代表及经办人身份证原件及复印件一份;3、如受他人委托代办的，须持有委托单位出具的代办委托书面证明。 收费内容：108元/证，工本费：正本每份10元，副本每份8元;技术服务费90元。
第四：国家、地方税务局申领税务登记证 ， 提交材料：1、法人营业执照副本及复印件;2、组织机构统一代码证书副本及复印件;3、法定代表人(负责人)居民身份证或者其他证明身份的合法证件复印件;4、经营场所房屋产权证书复印件;5、成立章程或协议书复印件。免收税务登记工本费。
第五：办理银行开户和账号 ， 提交材料：1、法人营业执照正、副本及其复印件;2、组织机构代码证书正、副本及其复印件;3、农民专业合作社法定代表人的身份证及其复印件;4、经办人员身份证明原件、相关授权文件;5、税务登记证正、副本及其复印件;6、合作社公章和财务专用章及其法人代表名章。不收费 。
第六：当地农经主管部门备案，提交材料：1、法人营业执照复印件;2、组织机构代码证书复印件;3、农民专业合作社法定代表人的身份证复印件;4、税务登记证正、副本复印件。
要成立一个农业合作社应注意以下几点：
一、成立前的准备工作。
根据《农业合作社法》第十条的规定：
1、人数上的要求。你首先要找到五个和你志同道合的农民兄弟（也可以是四个农民兄弟，一个与将来成立的合作社经营活动有关的单位，但这个单位不能是政府部门）
2、起草章程。你们要商量拟一份合作社的章程。章程内容要符合《农业合作社法》第十二条的规定。
3、要组建好农业合作社的组织机构。比如：理事长、执行监事等，可参照有限公司的组织机构设置。
4、要确立农业合作社的名称，固定的住所。
5、要确定成员的出资数额、方式。虽然《农业合作社法》中对出资数额没有限制，但你可咨询一下当地的政府部门看有没有这方面的规定。
二、履行的程序
1、根据《农业合作社法》第十一条的规定召开设立大会。设立大会的主要任务为，审议并通过合作社章程，选举产生理事长、理事、执行监事或者监事会成员，审议并通过其他重要的事项。召开设立大会时要做好会议记录，会议记录和章程要由参加会议的全体成员签字。
2、授权一人向当地工商部门办理登记手续。我国实行的是审核制，只要素提交的材料符合规定就可以成立。所提交的材料可参照《农业合作社法》第十三条第一款的规定。
经过以上的程序就可以依法成功成立农业合作社了。
三、应注意的问题
1、法人成为合作社成员资格的限制。
根据《农业合作社法》第十四、十五条的规定。成员要符合以下条件（1）、具有完全的民事行为能力个人(对个人的要求），与农业合作社的经营活动有关、能够利用农民专业合作社提供的服务、承认并遵守农民专业合作社章程、履行章程规定的入社手续的法人（注意对法人的要求比较严，以上四方面要同时满足）（2）对法人在成员的所占比例有严格的规定，即，20人以下的，法人所占比列最高为20%；20人以上的，法人所占比列最高为5%。
2、法人表决权的限制。
根据《农业合作社法》第十七条的规定，出资额或者与本社交易量（额）较大的成员按照章程规定，可以享有附加表决权。而法人的出资额或交易量往往比普通成员的出资额要大，所以法律规定附加表决权不得超过本社成员基本表决权总票数的百分之二十。这也是为了更好的保护农民成员的利益。
3、对退社的规定。
成员要求退社，应先提出申请，成员资格在财务年度终了时终止。这也就是说从提出申请到正式退社一般要有一但时间，那么在这段时间内，成员可否与别的单位签订于本合作社有竞争关系的合同呢？一般认为不可以。
至于其他方面得问题，如：组织机构的人选以及机构运行、财务管理、合作社的合并、分立、解散、清算，在《农业合作社法》中有明确规定，只要遵守就可以了。
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