首都医科大学研究生院正式成立于2003年，但首都医科大学研究生教育历史可追溯到1979年。 首都医科大学于1979年开始招收研究生。经过20多年的努力，首都医科大学研究生教育得到长足的发展，2005年在校研究生人数已超过1900人，其中博士研究生462人、硕士研究生已超过 1458人。2005年首都医科大学拟招收171名博士研究生、528名硕士研究生。此外，该校还承担着以研究生毕业同等学力申请博士、硕士学位工作。
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