我国古代社会中，除了人口密集，经济繁荣的中原地区外，周边还有许多地广人稀的少数民族聚居区，对于如何管理这些地区，历朝历代的中央王朝也是很费脑子的，尤其是西南地区因少数民族众多，民风彪悍而难以管理。
秦、汉、唐朝对西南少数民族地区的统治采用羁縻政策，设立羁縻州县，其长官由部族首领世袭，也就是以夷制夷的政策，朝廷承认当地夷人头目，对他们封以王侯，内部事务自治，纳入朝廷管理，中央王朝也将其视为领土的一部分。
到了宋朝，进一步加强了对羁縻州县的控制，除了在部族首领之外，还委派中央政府任命的官员以加强监管。到了元代，逐渐演化成了“土司制度”。
土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而来的，其实质就是“以土官治土民”，中原的王朝承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，进行间接统治。
但是，西南地区的少数民族在土司的统治下，土地和人民都归土司世袭所有，土司各自形成一个个势力范围，其辖内的司法、财政、行政、兵事都可以自治，对于当地人民掌握一切生杀大权。
这样一来，各个土司所控制的地盘相当于一个个割据独立的小朝廷，长此以往，中央王朝的各种敕诏在西南地区并不能得到真正的贯彻与执行。
明朝永乐年间，铜仁等地的思州、思南有两个宣慰司叛乱，明成祖朱棣派兵平定后，改设贵州布政使司，朝廷派遣可以随时撤换的流官担任官员，从此贵州成为省一级行政单位，开创了古代“改土归流”的先河。
但是，这次改革只是针对贵州叛乱的两个宣慰司进行改革，只触及贵州的一小部分地区，整个明朝西南大部分地区仍然实行土司制度。并且，土司制度没有得到削弱，反而在明朝中后期成为我国历史上土司制度的鼎峰。
清王朝建立后，由于早期主要将精力用在了平定“噶尔丹”叛乱，中原地区人民反抗清廷的起义斗争，以及吴三桂发动的叛乱，无暇顾及势力越来越膨胀的土司势力。
到清朝中期，特别是雍正时期，国力强盛，清王朝已经有了雄厚的力量来加强对少数民族地区的统治。
为了解决土司割据的积弊，雍正四年（1726年），云贵总督鄂尔泰建议在西南一些少数民族地区废除土司首领世袭制，改为实行中央王朝委派的流官制，在少数民族地区设立府、州、县，派遣有一定任期的流官前去治理，这就是所谓“改土归流”。
雍正帝对此甚为赞赏，令其悉心办理。雍正六年（1728年），又命贵州按察使张广泗在黔东南推行“改土归流”政策，在设立府县的同时，又添设了军事机构。
本次改土归流的地区，包括滇、黔、桂、川、湘、鄂6省，所涉及的民族有苗族、彝族、布依族、侗族、瑶族、水族等。云南、贵州改土归流的目标，到雍正九年（1731年）基本实现。
“改土归流”有利于减轻土司对少数民族地区人民的压迫和剥削，减少了叛乱因素，加强了中央王朝对边疆地区的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展，对我国这种多民族国家的统一和经济文化的发展有着重要的意义。
清朝在推行“改土归流”政策时，西南地区的一些土司势力也起兵反抗，清朝也多次对西南地区用兵，但是，土司制度直到清朝结束也没有完全消失，直到新中国成立后，土司制度才被彻底废除。
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