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被燕王朱棣烧毁了。
明朝建文元年（1399年），坐镇北平的朱棣起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。明朝建文四年（1402年），经四年战争，燕王朱棣攻破京师，结果“都城陷，宫中火起”，烧毁了奉天殿等宫殿，战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。
明朝建文四年（1402年），朱棣在南京即皇帝位，仍居于南京故宫中，但同时下令以北平（今北京）为行在，准备迁都。
明朝永乐四年(1406年)，朱棣正式下令在北京元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，据《明太宗实录》记载：“（北京故宫）凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京明故宫 ，而高敞壮丽过之。”
明朝永乐十八年（1420年），北京故宫基本竣工，九月初四，成祖定都北京，并遣户部尚书夏原吉往召皇太子及太孙，限期十二月底到北京。
二十二日，又下诏：自下一年正月，改京师为南京，北京为京师，设六部，云行在之称。并取南京各印信给京师诸衙门，另铸南京诸衙门印信，全加“南京”二字。十一月初四，以迁都北京诏告天下。
扩展资料：
南京故宫，又称明故宫、南京紫禁城，是明朝首都应天府（南京）的皇宫。建造前后历时二十余年，占地面积超过101.25万平方米，是中世纪世界上最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”。
南京故宫作为中国古代都城宫殿建筑的集大成者，其建筑形制为北京故宫所继承，为明官式建筑的母本，是北京故宫的蓝本。
南京故宫始建于元至正廿六年（1366年），明洪武廿五年（1392年）基本完工，其址选于元集庆城外东北处，迁三山填燕雀湖而建。
明故宫为明初三朝皇宫，长达54年之久。直到明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，南京设立南直隶，仍由皇族和重臣驻守，地位十分重要。
南京故宫坐北向南，大体范围东至今中山门，西至西安门，北至后宰门，南至瑞金路，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。
入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。现部分遗址位于今中山东路南北两侧，已列为全国重点文物保护单位。
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