主要区别是，性质不同、主要职责不同、管理对象和范围不同，具体如下：
一、性质不同
1、渔政
渔政管理是遵照渔业法规对本国管辖范围内的渔业、渔业水域和水产资源进行的行政监督和管理。
2、海监、
海监管理是依照有关法律和规定，对国家管辖海域（包括海岸带）实施巡航监视。
二、主要职责不同
1、渔政
①、监督、检查渔业法规的贯彻执行。
②、对渔业资源状况和与资源相关的有关事项，向本级或上级水产行政领导部门提出建议。
③、负责渔业许可证的审核和发放。
④、监督和检查国际渔业协定的执行，协助有关部门处理渔政管理方面的涉外事宜。
⑤、维护渔业生产秩序，协助有关部门处理渔业生产纠纷。
⑥、协助有关部门维护渔业水域生态环境，保护珍贵稀有水生动植物。
2、海监
①、制定并组织实施海洋执法监察工作规划、计划。
②、拟定海监经费使用计划，监督管理业务经费使用。
③、建设和管理海监队伍，制定海洋执法监察工作的规章制度。
④、组织协调管辖海域海洋执法监察工作，发布海洋执法监察公报和通报。
⑤、组织对海上重大事件的应急监视、调查取证，并依法查处。
⑥、建设和管理海洋监视网，管理海洋执法监察信息。
⑦、建设和管理海洋执法监察技术支持系统，组织拟定海洋执法监察的技术规范、标准。
⑧、承办海洋监察员资格管理和培训工作，核发海洋监察员证书。
⑨、拟定并组织实施海监船舶、飞机和设备及物资的配备、维护计划，监督中国海监船舶、飞机的安全工作。管理海监队伍的配备和使用。
⑩、监督管理海监船舶、飞机眩号和海监人员的着装、标识的使用。
三、管理对象和范围不同
1、渔政
管理对象包括渔业生产者个人、渔业生产组织和其他渔业社会组织、渔业资源、渔业水域生态环境以及渔船、渔具等渔业生产资料和鱼、虾、蟹等渔业生产的产品等。
2、海监
管理范围包括查处侵犯海洋权益、违法使用海域、损害海洋环境与资源、破坏海上设施、扰乱海上秩序等违法违规行为，并根据委托或授权进行其他海上执法工作。
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