正章
亚坦尼斯在艾尔上方集结军队，准备进行艾尔夺回战，泽拉图知晓了预言，前来阻止亚坦尼斯。亚坦尼斯知道泽拉图冒险前来必有道理，可是此时箭在弦上不得不发，他依然率军进攻了艾尔。在艾尔登陆战获得了全面胜利，星灵仿佛获得了夺回家园的希望。此时，泽拉图告知了亚坦尼斯他所知道的真相，用来净化刀锋女王的萨尔那加神器是一个钥石，是打败埃蒙的关键。于是他们决定分头行动：亚坦尼斯率领黄金舰队留守并清理艾尔，泽拉图去找吉姆雷诺索取钥石。
可是情况有变，泽拉图正准备出发时，虚空追猎者号被摧毁，席伦蒂斯告知泽拉图亚坦尼斯在卡拉中失去了联系。泽拉图动身寻找亚坦尼斯，可是发现所有的卡拉星灵全部被一股邪恶力量控制了，连之前联络的席伦蒂斯一时间也失去了消息，于是泽拉图决定孤军深入探寻真相。泽拉图找到亚坦尼斯时，亚坦尼斯已经被埃蒙完全控制了。泽拉图想切断亚坦尼斯的神经束，亚坦尼斯二话不说立刻向泽拉图痛下杀手。泽拉图与之交战，却始终没有机会触碰到他的神经束。于是泽拉图下定决心，用身体硬接了亚坦尼斯的致命一击，利用这个机会切断了亚坦尼斯的神经束。亚坦尼斯恢复意识，而泽拉图则陨落牺牲。
亚坦尼斯佩戴了泽拉图遗留下来的灵能之刃，切断了一部分人的神经束，与未被控制的所有星灵，启动了亚顿之矛世界舰，逃离了母星。在亚顿之矛上有大量沉睡者的星灵军队，亚坦尼斯切断了他们所有人的神经束，唯有一人例外，此人正是保存者洛哈娜，洛哈娜认为自己可以抵御埃蒙的腐蚀，坚持要维持卡拉连接，亚坦尼斯只好观察一阵再说。亚坦尼斯率军前往了夏库拉斯，发现夏库拉斯上的艾尔传送门已经打开，大量异虫涌入星球，夏库拉斯已经沦陷。族长沃拉尊决定毁灭夏库拉斯，亚坦尼斯设计以牺牲夏库拉斯为代价毁灭艾尔的大量异虫。在十多亿异虫入侵后，亚坦尼斯过载了夏库拉斯上的萨尔那加神庙，用之所有的能量引爆了夏库拉斯，十多亿异虫和夏库拉斯同归于尽。
亚坦尼斯又来到了克哈寻找吉姆雷诺索取钥石，发现克哈正在内战中。经过调查，原来是莫比亚斯基金会的残党与帝国军在战斗，还夺走了钥石。亚坦尼斯帮助帝国军队摧毁了莫比亚斯基金会的部队，并从他们手中夺回了钥石。钥石被交给亚顿之矛上的相位技师凯拉克斯研究，他发现这钥石是很久很久很久之前的太古之物，并非人类所说的近代产生的物体，具体作用尚未可知。期间，洛哈娜被埃蒙控制了身体，洛哈娜虽然平时可以抵抗埃蒙的意志，但是埃蒙还是可以入侵洛哈娜的身体，洛哈娜清醒后还是不肯切断神经束，于是亚坦尼斯把她关进了牢笼里。洛哈娜说自己可以和埃蒙互探信息，于是洛哈娜就开始不停窥察埃蒙的秘密。
夺回钥石后，亚坦尼斯又率军前往了格拉修斯星球夺取被封锁的科技。期间，塔达林攻击了亚坦尼斯的舰队。亚坦尼斯还是夺取了被封锁的科技，同时还夺取了一个被制作成净化者的故人--菲尼克斯。这个菲尼克斯并不是以前的菲尼克斯，而是以前的菲尼克斯在第一次阵亡时的意识克隆体。复制体菲尼克斯还以为自己被做成了龙骑士，也不清楚这段时间究竟发生了什么，花了很长时间才适应过来。
离开格拉修斯后，凯拉克斯发现钥石指向了一个坐标，是一个宇宙裂隙。凯拉克斯认为不可能有任何生物通过那里，以为自己搞错了，但是亚坦尼斯说萨尔那加本身就是从没有生命的地方诞生的，于是开着亚顿之矛就过去了。进去以后，亚坦尼斯发现了萨尔那加创造第一个生命的星球--乌尔纳。在乌尔纳中，亚坦尼斯想知道真相，却发现埃蒙的军队已经占领了这里，于是杀了进去打开了内部圣殿的入口大门。在圣殿内部，亚坦尼斯看到了萨尔那加预言图，上面刻着泽拉图会按照指引找到预言以及萨尔那加捧着凯瑞甘的图印。此时，凯瑞甘和一个巨大的混元体扭打着冲了进来，混元体被凯瑞甘杀死了。当凯亚两人一照面还没来得及对话，又一只混元体冲了进来，趁虚把凯瑞甘打伤，亚坦尼斯协助凯瑞甘杀死了这个混元体，两人决定联手，一同进入了神殿。在神殿内部，两人发现了大量萨尔那加的尸体，埃蒙把他们都杀了。埃蒙显摆自己，说自己夺取了主宰的精华，已经拥有了一个完美的肉体，很快就可以毁灭世界了。亚坦尼斯誓死抵抗，大量埃蒙军队入侵，两人联军共同抵抗。此时亚顿之矛上来了个不速之客--塔达林二把手阿拉纳克，他说服了沃拉尊联手救出了亚坦尼斯。凯瑞甘和亚坦尼斯一同冲出了乌尔纳，凯瑞甘的虫群元气大伤，需要一定时间休养。而阿拉纳克说服亚坦尼斯帮助他夺取塔达林老大的地位，回报是两个部族不再为敌甚至联手，亚坦尼斯答应了。
之后，亚坦尼斯分别解封了被埃蒙虫族包围的古代的净化者军队，消灭了莫比亚斯基金会的混元体工厂，协助阿拉纳克进行拉克希尔仪式夺取塔达林首领的地位。然后凯拉克斯找到了钥石的作用，钥石可以暂时把埃蒙对卡拉的影响短暂关闭，在此期间可以有足够时间让黄金舰队全体人员切断神经束。而洛哈娜发现了埃蒙的秘密，埃蒙的肉体即将完成，他要用黄金舰队来阻止亚坦尼斯，所以唯一的办法就是消除艾尔上的灵能矩阵，这样黄金舰队就无法折跃了。在获取了信息后，洛哈娜也切断了神经束，从牢里解放了出来。亚坦尼斯率领军队抵达艾尔，摧毁了灵能矩阵，并且率领军队找到了埃蒙孵化中的肉体并试图阻止它的完成。但是埃蒙的肉体还是完成了，亚坦尼斯动用亚顿之矛以及净化者舰队所有的碎星炮，把埃蒙的肉体轰成了渣渣。就这样，埃蒙刚复活就死了。埃蒙肉体死后，精神还在卡拉中残留。亚坦尼斯启动了钥石，把埃蒙的意识从卡拉中剥夺了出来。所有卡拉中的星灵恢复意识，都纷纷切断神经束，而钥石也因为承受不了埃蒙的虚空能量而自我毁灭了。最后，星灵终于夺回了自己的家园艾尔。在艾尔上，亚坦尼斯把泽拉图的灵能护壁放到了虚空追寻者的墓碑上，望向艾尔的大地，星灵的家园在逐渐重建，恢复昔日的荣光。
终章
亚坦尼斯和雷诺收到了凯瑞甘的邀请信，一同聚集在了乌尔纳的上方。凯瑞甘说她发现埃蒙没有彻底死亡，他还在虚空中苟活，乌尔纳中有一个地方可以开启虚空的传送门，埃蒙就在里面，她要进去杀了埃蒙以绝后患。众人纷纷表示同意，于是三族就此形成联军：帝国舰队+黄金舰队+虫群大军共同进入了虚空之中，面对最终的决战。
在进入虚空后，众人发现塔萨达的声音在呼唤众人，而纳鲁德也在里面，他也是一个萨尔那加，他囚禁了塔萨达。众人在一番作战后，击败了纳鲁德的军队，斯图科夫嘲讽着纳鲁德--杜兰，然后一击把它打成了碎片。而亚坦尼斯把塔萨达救了出来，正要跪地膜拜偶像。塔萨达突然变身成了一个触手多眼怪，原来一直引领泽拉图的塔萨达并不是真的塔萨达，塔萨达在消灭主宰时已经死了。这个塔萨达其实是一个幸存的萨尔那加--奥鲁斯。奥鲁斯与埃蒙为敌，它坚持萨尔那加的轮回之道，并道出了一切的真相。
萨尔那加是创造生命的种族，当初萨尔那加创造了星灵和异虫，任其自己发展，而埃蒙偷偷跑到艾尔上，加速改造了星灵，却受到星灵攻击而逃跑。之后埃蒙又跑到泽烙斯上创造了主宰，他的行径很快被其他萨尔那加发现了。于是埃蒙和其他萨尔那加发生了剧斗，埃蒙率领主宰虫族进攻萨尔那加，最后埃蒙和萨尔那加们同归于尽了。埃蒙在虚空中囚禁了奥鲁斯，并派纳鲁德-杜兰到宇宙中制造混元体作为自己的军队和新肉体。奥鲁斯说打败埃蒙的办法，只有获得萨尔那加的力量才行。轮回本身需要一个精神和肉体都达到巅峰的生物，只有这样的生物才可以接受旧萨尔那加的力量，而凯瑞甘就是这样一个在肉体和精神方面都达到巅峰的生物(星灵的存在到底有什么乱用??)。凯瑞甘被选择成为新的萨尔那加，而雷诺不同意，雷诺想与凯瑞甘远走高飞(角质层与触手PLAY啊!)。凯瑞甘说自己要赎罪，于是同意了成为新的萨尔那加。凯瑞甘把虫群的女王之位传给了扎加拉，扎加拉欣然接受。随后凯瑞甘汲取了奥鲁斯所有的精华，从女魔头变成了圣光女神。在临行前，凯瑞甘进入了雷诺的意识里，给了雷诺一个吻，并说了再见。凯瑞甘飞向了埃蒙最后的所在地，雷诺一行人也追了过去。
凯瑞甘成神后，轻而易举击溃了埃蒙的军队。埃蒙只好动用虚空水晶形成灵能壁垒保护住自己，进行最后的殊死抵抗。人虫神三族联军，一同摧毁了所有的虚空水晶，壁垒被摧毁了。凯瑞甘与埃蒙做最后的对决，凯瑞甘使用全部的神力，把埃蒙轰杀至渣。在最后的爆炸前，凯瑞甘对雷诺告别并让他离开，于是雷诺和其他人都离开了虚空之地。
两年后，雷诺在马萨拉的小酒馆里独自喝酒，电视中瓦来里安在帝国首都举行新帝国成立三周年庆祝仪式，而霍纳成为了帝国军队的领袖。雷诺回忆过往，想到了一开始当警长的日子，想到了自己对不起的泰凯斯，又想起了已经不在了的凯瑞甘，惆怅万千，饮酒独醉。突然，背后的门打开了，还散发出了一阵金光。雷诺回头一看，一位红发幽灵女特工站在门口，问到：”准备好离开这儿了吗?牛仔?“雷诺欢心一笑，放下了手中的警长臂章，说道：”来吧，好戏开场了!“酒馆中只剩下两人一同离去的背影。
最后，人类帝国与星灵建立起了和平的盟约，人类扩张了自己的领土，星灵也在艾尔上发展自己的世界。而异虫在扎加拉的领导下，也占领了查尔星周边的众多星球。但是再也没有人看见吉姆雷诺，人们都不知道他去哪了。同时，人们也发现在宇宙中众多荒芜的星球上，产生了生机，这些奇迹是如何发生的，至今也无法解释。(凯瑞甘成为了萨尔那加后，获得了和纳鲁德和奥鲁斯一样的变身能力，于是凯瑞甘在战后发现自己没死，于是变回了人形去马萨拉找吉姆，而萨尔那加之力可以创造新生命，于是结局就是凯瑞甘和雷诺一起在宇宙中旅行，一边旅行，一边创造新生命，大团圆结局!)
虚空之遗全剧情完
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