顺式效应，反式效应

而实际不是等位基因，二者之间可以发生重组。在上述拟等位基因的杂交实验中，两个拟等位基因都在同条染色体上，另一条同源染色体的相对位置上则排列着野生型基因，表现为野生型，这种排列方式称为顺式排列（cis）；如上述的两个拟等位基因分别位于两条同源染色体上，使两条染色体都是有缺陷的，表现为突变型，这种排列方式称为反式排列（trans）。顺式排列和反式排列的组成都一样，只是排列方式不同，从而引起表型效应的不同，这种现象称为顺反效应cis-trans effect）。

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