克罗恩病可能是由以下因素引起的：
该病肠组织中可以发现副结核分枝杆菌，此菌感染可能与诱导复发有关，本病与病毒及衣原体感染无关。
该病患者体液免疫和细胞免疫均异常，说明可能是自身免疫性疾病，但确切机制有待阐明。
克罗恩病易发生于某些特定家族中，大约20%的克罗恩病患者的一级亲戚，即堂、表兄弟、姐妹或更亲近的亲戚存在该病，所以认为该病的发生存在家族聚集倾向。
克罗恩病近期发病率持续增高，考虑与社会工业化有关，与居住环境的清洁度、生活方式改变、高脂饮食等有关。
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