2008年10月23日，经国务院批准：农业部渔业局（中华人民共和国渔政渔港监督管理局）更名为农业部渔业局（中华人民共和国渔政局）；农业部黄渤海区渔政渔港监督管理局（中华人民共和国黄渤海区渔政渔港监督管理局）更名为农业部黄渤海区渔政局（中华人民共和国黄渤海区渔政局）；农业部东海区渔政渔港监督管理局（中华人民共和国东海区渔政渔港监督管理局）更名为农业部东海区渔政局（中华人民共和国东海区渔政局）；农业部南海区渔政渔港监督管理局（中华人民共和国南海区渔政渔港监督管理局）更名为农业部南海区渔政局（中华人民共和国南海区渔政局）。
更名目的是为了树立大渔政观念，简化机构名称，进一步推动渔政队伍规范化建设，强化渔政管理职能。农业部办公厅随后印发“农业部渔业局（中国人民共和国渔政局）主要职能等有关规定”的通知中，除保留原有职能外，还调整强化了部分新的职能，加强了水生生物资源和渔业水域生态环境保护、维护国家渔业权益的职责。三个海区渔政局的职能也相应得到加强。 在原单位名称中减去“渔港监督管理”几个字，绝不意味着减去这方面的职能，而恰恰是要统一、强化大渔政的观念和职能。中国渔政本来就包括渔港监督、渔船检验的内容，代表国家行使渔政渔港和渔船检验监督管理权。 2000年5月17日，经中央机构编制委员会办公室批准，中国渔政指挥中心正式成立，农业部渔政局局长兼任中国渔政指挥中心主任，顺应新国际海洋管理制度建立和国内渔业统一执法工作需要，专门设立的国家级渔业执法指挥协调机构。指挥中心的成立标志着：由中国渔政指挥中心统一指导、三个海区渔政局和三个流域委员会组织协调，县级以上地方渔政管理机构具体实施的渔政执法体系，得到进一步健全和完善。
2014年1月20日，农业部办公厅印发《关于我部渔业局更名及启用新印章的通知》。《通知》指出，根据《中央编办关于农业部有关职责和机构编制调整的通知》（中央编办发〔2013〕132号）和《农业部关于机关有关司局加挂牌子及更名的通知》（农人发〔2013〕9号）要求，中华人民共和国农业部渔业局（中华人民共和国渔政局）更名为中华人民共和国农业部渔业渔政管理局。自2014年1月20日起，正式启用“农业部渔业渔政管理局”名称和印章，原“农业部渔业局”和“中华人民共和国渔政局”名称和印章不再使用。
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