脑炎是由于各种生物病原体侵犯到中枢神经系统皮质，脑膜，血管等处而引起。
比如血行感染，病原体通过动物咬伤，昆虫叮咬，使用不干净的注射器肌肉注射或静脉注射等进入人体血管，病原体造成面部感染时也可经静脉逆行进入脑部，此外孕妇感染的病原体可经胎盘可传给胎儿。或直接感染，头颅外伤以及邻近组织感染病原体可以蔓延进入脑部。
神经干逆行感染，病毒包括狂犬病毒，单纯疱疹病毒等感染皮肤，以及其它粘膜再经神经末梢进入神经干进入脑部。
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