从剑冢回到蜀山，长卿告知景天锁妖塔危急，要景天快去增援。在锁妖塔前战胜邪剑仙、四长老、邪灵后，根据景天此时与各女主角好感的不同，会触发不同的结局。关于好感度的设定，只要根据正常逻辑即可判断，以龙葵的衣服任务为例，三种衣服分别代表三种好感度，“古代宫廷服饰”最好，“当今宫廷服饰”次之，而“普通民间服饰”则无好感，这些可以凭借音效来判断。很多带选项的对话都会影响好感度，最后根据好感度的不同，游戏结局也是各不相同的。
完美结局如下:
不论在剑冢中牺牲的是何人，在新仙界与重楼决斗胜利后都会出现完美结局。重楼希望景天到新仙界，景天眷恋人间，不愿离开，反而劝说重楼也到人间。重楼虽未答应，但会让在剑冢中牺牲的一人复活。景天、雪见、龙葵回到渝州新安当。在三人的协助下，景天的当铺也经营得愈来愈兴旺。
另附仙剑奇侠传3 玩出五个结局的方法:
(1)雪见结局:
雪见好感度要高，小葵、花楹、紫萱不能太高。
铸剑时选'阵妖剑'，之后与重楼在新仙界一战，战败。
景天到处会找雪见，最后再一个村庄内找到，长乡厮守。
(2)小葵结局:
小葵好感度高，其他不能太高。
铸剑时选'魔剑'，之后新仙剑之战要被打败。
黑发小葵鼓励蓝发小葵后离开了她，去找寻自己所爱。
小葵与景天在一客栈(?)箱遇。
(3)紫萱结局:
紫萱得好感度要最高，其他人不能太高(小葵>雪见)。
铸剑时选'阵妖剑'，打完邪剑仙后就结束了。
当紫萱要牺牲自己来封印锁妖塔时，重楼阻挡了紫萱。
以自身魔力封印锁妖塔，但紫萱已将毕生修为给了长卿。
长卿因紫萱而成仙，重楼为紫萱修为尽失而落凡。
紫萱是凡，长卿是仙，人仙殊途。紫萱离开蜀山，
景天追紫萱而去，长卿只是无言并没有追过去。
之后紫萱、景天两人住在同一个村庄。
一日景天正在紫萱家门口擦拭古董，重楼来到，
问候她与紫萱的近况，后得知景天自小葵死后，
一直都是一个人过，并没与雪见一起，
于是便与景天相约到他家喝酒。
(4)花楹结局:
花楹好感度高，紫萱不能太高，雪见>小葵。
铸剑时选'魔剑'，随后打邪剑仙结束。
紫萱为封印锁妖塔牺牲了，重楼将小葵化成两个实体。
并约景天十年后的今天，冰风之谷一战。
随后十年景天一人独自修练，而小葵则是回古城镇生活。
这十年，景天已修至无剑之境，一日在野外遇到花楹，
花楹随著景天四处游荡。
(5)完美结局:
紫萱与花楹好感度不能太高，雪见或小葵的结局选其一。
在新仙界一战打败重楼。
景天的'新安当铺'内，雪见在招呼客人，
蓝发小葵负责帮忙鉴定物品，黑发小葵则是将客人吓跑。
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