天气
在客机之初，法国航空称客机有可能因被击而，但有分析称因此造成的可能性非常低，因为客机机身能分散雷击所带来的电流贺物，并透过机翼上的放电刷释放。而根据客机前12分钟的天气卫星图像，英国《泰晤士报》分析员称，在穿越长达125公里的及时，有可能会造成机身因而造成客机电子系统。而美国卫星气象研究合作研究所（The Cooperatve Institute for Meteorological Satellite Studies）所提供的卫星图片显示, 客机航道上曾有多个区域。
机械故障
2009年6月6日时，相关调查人员指出：该架飞机有多重机械，包含了接收天气及飞行速度等数据的 皮氏管 。而空难前空中客车曾告知法航空中客车A330客机所使用之皮氏管必须更换，但族激该架飞机前仍尚未更换皮氏管 空中客车于6月5日再度提醒法国航空驾驶该公司之机师重新阅读2001年7月的文件，该文件指出：皮氏管一旦故障，飞行速度读取错误以致自动飞行系统(AFS)停止后的应变程序。
炸弹恐吓
2009年5月27日，在发生前数日，法国航空收到一通电话，指一班从布宜诺斯艾利斯飞往巴黎的法国航空客机装有炸弹。当局随即在布宜诺斯艾利斯埃塞萨皮斯塔里尼部长国际机场延迟该航班90分钟起飞以作搜寻，但并没有在此班机上发现任何爆炸物，随后获准班机起飞。而法国政府不排的可能，但并没有任何组织承担责任。而巴西国防部认为客机海面上漂有油渍，客机在前可能并没有发生。
根据空中客车提供的报告称，客机可能在穿越恶劣天气时飞行速度不正确。在穿越乱流时应以VRA速度（即颠簸气流速度），而并非超越VB速度（即客机设计飞越强风时的最大飞行速度）飞行。在空难发生后，空中客车对所有空中客车A330运营商发出对于飞行恶劣天气时所需速度方面的忠告。
飞机自由落体式地砸向海面
更糟糕的是，空客A330的自动飞行控制系统在这种情况下自动换成了紧急程序。飞机电脑通常会监督飞行员的所有行为———至少在感应器能提供可靠数据的情况下。当速度读数缺失，电脑干脆开始罢工。空客的自动控制系统的确是有些复杂，但也非不能控制，只是因为当时飞行员已经有些。
目前还不知道在最后的时候，究竟是谁在控制飞机，是经验老到的机长杜博伊斯，还是两位副机长之一？事实上，有证据显示，时机长并未在驾驶舱里。他的尸体在海中被发现。而他的两位副机长沉到了海底，身体依然被绑在座位上。和许多航空公司不同的是，法航的惯例是，当机长不在时，两位副驾驶员中比较不熟练的一位将坐在机长的位置上。较有经验的副驾驶仍然坐在驾驶舱右侧的位置。在正常情况下，这不会构成问题，但在紧急情况下却可能增加的可能。
在空速指示器失灵后不久，飞机直到前最后一秒还完好无损，超过200吨重的金属、塑料、煤油和人体撞击海面，法医报告详细地描绘了撞击的巨大力量：一些被安全带切成了两截。多数打捞起来的面积不超过1平方米。切割线呈明显角度，显示飞机并非垂直海里，而是以机头兆拍袜向上略微倾斜接近水平的角度砸向大海。
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