脑炎主要是由于外来的微生物侵犯到中枢神经系统所引起的，可能是由于外伤所引起的。
正常脑实质是在一个封闭的空间里面，外界的微生物是不能到达的，外伤后微生物就可以直接进入中枢神经系统，就会引起脑炎。
还可能跟免疫力下降有关系，因为正常人是有一定的抵抗力的，就算被外来病原体侵入也可以通过正常的免疫力清除。
但是免疫力下降后不能及时清除侵犯颅脑的外界微生物，就会引起脑炎。
引起脑炎的微生物分为很多类，如细菌、病毒、真菌，但有一类特殊的脑炎并不是由于外界微生物引起的，而是由于自身免疫异常所引起的，叫自身免疫性脑炎。
是由于机体产生错误的免疫应答，导致自身的免疫组织攻击自身的神经组织引起的，需要进行调节免疫治疗。
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