李腾芳认为，高拱与张居正一样也是功绩卓著的政治家。他指出：“新郑、江陵两公皆负不世出之才，绝人之识。本以忠诚不二之心，遭时遇主，欲尽破世人悠悠之习，而措天下于至治。其所就虽皆不克终，然其所设施，亦已不可泯矣。”他高度赞扬高、张的才识，认为二公的改革功绩都是不可磨灭的。
明末清初，史学家对高拱也持肯定态度。支大纶言：“高拱当鼎革之日，居保济之任，开诚布公，周防曲虑，不阿私党，即古社稷之臣，何以加焉。”陈治纪说：“且夫新郑公之德，允为治安良相。”谈迁说：“新郑始志，不失为社稷臣。”傅维麟说：“高拱以藩邸腹心，得君行政，慨然以综核名实为己任。其所条奏，铨政边才，凿凿可施之当今。练达晓畅，救时贤相也。”孙奇逢指出：“公于诸边情形，无不熟谙而洞悉之，故边人有事来请，公辄为指示方略。政府不谙边务，而边人能立功于外者难矣。”孙氏认为，高拱不仅功绩卓著，而且也是廉洁自律的清官：高拱“秉心易直，确有执守，夙夜惟以国事为念。自辅储至参钧轴，历三十年而田宅不增尺寸”，“中州家范之严，咸称高氏。”王鸿绪也说：“自是三十余年，边陲晏然，拱之力为多。”由上可见，当时许多史学家都认为高拱是“社稷之臣”、“治安良相”或“救时贤相”。
高张对立、绌高袒张的观点，至清代还有所反映。顺治四年(1647)，有人认为张居正身后之祸是“高新郑构之也”。对此，翰林宋学洙驳斥道：
尝考新郑罢相，固在江陵壬申(1572)柄政之初，而新郑捐馆，实在江陵戊寅(1578)葬亲之岁。江陵壬午(1582)薨时，新郑亡已五年矣，安得谓甲申(1584)之难，发于新郑耶?
不仅如此，宋学洙还分析了隆庆末年高、张友情分离的原因，言：“其构新郑也，救徐文贞也。文贞为江陵馆师，又拜相之荐师也。考江陵拜相谢文贞时，文贞面嘱之曰：‘家国之事，一以奉託。’则安知非虑新郑之构己，而託其相庇乎?高公再相，徐果受陷，三子被逐，拟破其家。文忠用智用愚，阴持四载。徐公之狱未即成，而穆宗晏驾。故江陵机罢高公相，而予徐公以安，所谓国士之报也。江陵岂不爱新郑者，权其师友之重轻，遂不能置身于两厚。”宋学洙以张居正《答上师相徐存斋》有关7封书信、《答高中玄相公》有关10封书信为论据，说明张居正重师轻友、不能两厚的处世态度正是导致高、张关系破裂的重要原因。这一见解是合乎情理的。
康熙七年(1668)，新郑知县湖北江陵人李永庚与张居正是“世戚亲旧”，但却没有褒张贬高的偏见，对高拱有着正确的认识。他指出：
公(高拱)与予乡太岳张公，同以名相，显重当时。其揆辅表见，勒在史册，皆所称贤豪大人也。仰典型者，莫不知曰江陵、新郑云。但江陵威重，新郑笃实，其心同正，……而进江陵者退新郑，进新郑者退江陵，均之不知江陵、新郑者也。
李永庚认为，高、张虽各有短长，然“其心同正”，都可称为名相贤豪。如果将其对立起来，就不能真正理解二人。正如他说：“予生于江陵，且与相国(居正)世戚亲旧，尝悲其事;而诵前史，识往哲，又未尝不雅重新郑，愿为之执鞭也。”
魏源也指出，高拱等人促成俺答封贡互市的实现，不仅结束了明朝与蒙古各部兵戈相加的战争局面，而且也开创了清朝和平安定的局面。他说：
高拱、张居正、王崇古，张驰驾驭，因势推移，不独明塞息五十年之烽燧，且为本朝开二百年之太平。仁人利溥，民到今受其赐。
张廷玉等人撰修的《明史·高拱传》，一方面称赞“拱练习政体，负经济才，所建白皆可行”。并对高拱在清整吏治、选储人才、安边强兵等方面的显著政绩给予了基本肯定。但另一方面又指出高拱持才自傲及其性格缺点：“才略自许，负气凌人”，“性自而傲”。这一评价，显然是受到了传统的“褒张贬高”的影响所致。
三、“尚通”、“尚实”的著名思想家
如果说明清时期对高拱的评价，重点在于肯定他的改革功绩和经世才能，是与张居正并驾齐驱的“救时贤相”，那么近现代学者在肯定他的改革政绩的同时，又重点评述了他的“尚通”、“尚实”的气学哲学和实学思想，认为他是明代著名哲学家王廷相气学思想的继承者，是批判宋明理学的“博学精虑的思想家”。
著名史学家邓之诚先生认为，俺答事件的圆满解决是高拱靖边实践的巨大功绩，指出：
高拱以招致俺答一事为最成功，虽成于王崇古，而主持者则拱也。隆、万以后，鞑靼扰边之患遂减。
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