磷酸氯喹是治疗疟疾的，用于治疗对氯喹敏感的恶性疟、间日疟及三日疟。还可以用于疟疾症状的抑制性预防，还可以用于治疗肠外阿米巴病、结缔组织病、光敏感性疾病，比如日晒性红斑等。
由于新冠是一种突然出现的传染性疾病，当时没有治疗经验，而研制新药又需要很长的时间。
所以当时专家们在成千上万的药物中筛选出磷酸氯喹，当时发现它不仅有抗疟的作用，对新冠也有一定的治疗作用。于是老药新用，还进行了推广，但经过后来的观察，发现它对新冠治疗没有明显优势，而且副作用很大，所以现在不再推广使用。
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