3%的普通增值税发票，有两种情况可以抵扣：农产品销售增值税普通发 票和收费公路通行费增值税普通发 票。
1、修订后的《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条 纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项码烂税额准予从销项税额中抵扣：
……
（三）购进农产品，除取得增值税专用发 票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发 票或者销售发 票上注明的农产品世尺买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
2、《财政部 国家税务总局 关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）：附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》：
附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十五条 下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（三）购进农产品，除取得增值税专用发 票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品迟返漏收购发 票或者销售发 票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：
进项税额=买价×扣除率
上述规定中的农产品销售发 票，就是增值税普通发 票。
3、《财政部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知》（财税〔2016〕86号）：
一、增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发 票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发 票上注明的金额÷（1+3%）×3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发 票上注明的金额÷（1+5%）×5%
通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
上述规定中的通行费发 票，就是增值税普通发 票。
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